Anche se disinstalli la 3.2 ed installi la 4 non ci dovrebbero esere problemi a partire con i sistemi che ora girano sulla 3.2, a meno che non elimini anche i file di configurazione che trovi nella home.
Io ho fatto la stessa cosa (avevo bisogno delle ultime guest addition perchè con le 3.2 Fedora 14 non si virtualizzava a tutto schermo...)
Ho installato la 4 sulla 3.2 (ho prima disisntallato la virtualbox ose che si installa con ubuntu, da synaptic) e al riavvio di virtualbox tutto era come prima.
A dimostrazione sta il fatto che mi caricava ancora l'iso guest 3.2, ed infatti ho dovuto modificare il percorso di ricerca per l'iso delle nuove guest.4.
Virtual box 4 lo trovi poi applicazioni--->Strumenti di sistema.
Comunque per sicurezza salva i dati importanti dei sistemi virtualizzati, non si sa mai che qualcosa vada storto
Ciao