come si elimina il contenuto del file index.dat, dal momento che essendo una cartella di sistema non è eliminabile.

Effettivamente il file index.dat non si può normalmente eliminare.Esistono comunque in rete svariati programmini che lo eliminano.Uno di questi che uso normalmente e che trovo efficace è "Spider 1.16" che puoi trovare anche nella sezione software di Aiutamici.