Ho installato Ubuntu 9.04 direttamente dal disco originale, durante l'installazione si ha creato lo spazio in una partizione automaticamente, funziona bene con quello che ha. E' impossibile effettuare gli aggiornamenti o aggiungere programmi per mancanza di spazio. In precedenza lo avevo installato con Wubi in una partizione da me creata di 30gb e tutto andava bene, posso fare qualcosa per risolvere il problema o devo rifare l'installazione con Wubi, vi ringrazio.

Non è che devi usare WUBI, per installarlo in una Partizione tutta sua.
Semplicemente, gli crei le Partizioni di cui ha bisogno (ti suggerisco di crearne TRE: una per la ROOT [ / ], una per la SWAP e una per la HOME [ /home ]: la prima dovrebbe essere capiente almeno sui 15-16 Gb, mentre quella /home dovrebbe esser come minimo sui 4-6 Gb [se intendi metterci anche molti dati, ti suggerisco di farla assai più grande]; la Partizione di SWAP dovrebbe esser grande il doppio esatto della tua RAM fisica). La Partizione destinata all'installazione della ROOT [ / ] dovrebbe essere "Primaria", le altre falle "Logiche". Come file-system scegli l'ext3 (ma va bene anche un file-system di Windows, tiipo l'NTFS o la FAT32, giacché, durante l'installazione, ordinerai all'installer di UBUNTU di formattare lui sia la / che la /home usando come file-system l'ext4). Naturalmente, queste indicazioni valgon solo se tu indendi reinstallare UBUNTU daccapo per averlo davvero più "completo".
Ti suggerisco di postare qui l'esatta configurazione attuale del tuo Hard Disk (quante Partizioni, a cosa adibite, con quale file-system e di quale grandezza), così possiam provare a consigliarti meglio.

In quale senso "da disco non te lo permette"? Cos'è che accade, esattamente?

La Partizione di SWAP è l'equivalente "linuxiano" del "windowsiano" file di paging (o Pagefile). Serve, praticamente, ad aiutar la RAM nel proprio lavoro. E non contiene alcun Sistema Operativo.
Quello che devi fare, dunque, è questo:

1) partizioni la attuale "Partizione E" suddividendola in 3 differenti Partizioni. Per farlo, devi, innanzitutto, ELIMINARE la Partizione E, poi ELIMINARE la attuale Partizione di SWAP (se l'hai). In questo modo, le due Partizioni si dovrebbero riunire. A questo punto, devi creare e formattare, nell'ordine, una Partizione destinata alla ROOT [ / ], di circa 25-26 Gb, nella quale, poi, installerai la ROOT di UBUNTU, una Partizione destinata alla HOME (di circa 5-6 Gb), nella quale installarai la Home [ /home ] di UBUNTU. Il resto dello spazio che risulta (corca 2-3 Gb), destinalo alla Partizione di SWAP. Scegli di formattare sia la Partizione di ROOT che la Partizione di HOME in ext3. La partizione di SWAP ha il proprio file-system, che verrà selezionato automaticamente.
Ti suggerisco, per fare queste operazioni, di utilizzare il LiveCD di GParted.
2) avvii il CD di installazione di UBUNTU e indichi di installare la root [ / ] nella Partizione che hai creato a tale scopo (quella da 25-26 Gb) e di installare la Home [ /home ] nella Partizione che hai creato a tale scopo (quella da 5-6 Gb). Come file-system, per entrambe, scegli l'ext4 (ordina di formattarle entrambe prima d'installare, ovviamente). GRUB lo dovrai installare, giocoforza, temo, nell'MBR... giacché non penso che UBUNTU permetta di far differentemente. Non serve che tu indichi dove installar la SWAP a UBUNTU: lui stesso la rileverà automaticamente.

Va bene. Spero che lo sai usare bene.

Monsee, com'è che Linux con Grub o Lilo perende sempre il sopravvento su Windows nel gestire il boot?

Per questo motivo non ho, ancora, toccato Vista, tanto lo so che mi metterei a sperimentare selvaggiamente con esiti imprevedibili!

Che vuol dire il boot da "root", che bisogna digitare un comando manualmente?