Se si imposta Ccleaner all'avvio del computer ,esegue solo la pulizia del registro?

No, per "ripulire" il Registro di Sistema devi obbligatoriamente agire TU.
Impostandolo nella maniera in cui tu dici (così l'ho impostato anch'io) CCleaner "ripulisce" le cartelle temporanee (inclusa la cartella temporanea di Internet) e il Cestino (posto contenga qualcosa che tu vi abbia dimenticato dentro) nel corso dell'avvio di Windows. Si tratta di una funzione estremamente utile per quello che concerne la lotta ai malwares: infatti, esistono dei malwares (e dei rootkits) che si nascondono nella cartella dei files "temporanei" (o nella "Temp" di Windows) e poi si trasferiscon "quatti quatti" durante l'avvio di Windows fino alle loro destinazioni finali. Questo, per evitar di essere intercettati da qualche apparato di difesa. CCleaner, anche se non è in grado -minimamente- di riconoscerli, li elimina comunque (prima che riescano a trasferirsi) perché, proprio nelle cartelle incriminate, ad ogni avvio di Windows fa -alla lettera- "tabula rasa"...

Ho sbagliato a scrivere ,invece di REGISTRO volevo dire PULIZIA.....buone le tue informazioni .