normalmente quando installi un nuovo sistema operativo (sia windows che linux), ad un certo punto ti chiedono se vuoi installare nello spazio esistente, oppure formattare tutto, quindi non dovresti avere bisogno di formattare prima.
se invece vuoi formattare a tutti i costi, la maniera più "pulita" è di caricare un Sistema operativo da CD-ROM e formattare con quello.
ti consiglio di usare systemrescuecd:
http://www.ilsoftware.it/articoli.asp?ID=3335
Sono cosi avanti che quando guardo indietro vedo il futuro.