quando sposto o cancello delle cartelle qualche volta mi esce un messaggio con su scritto:
Spostare il file di sistema "Thumbs.db"?

mi sa che c'è qualcosa che non va

No, non c'è proprio niente che non va. I files in questione (in genere invisibili) sono dei minuscoli database che contendono le informazioni sulla "personalizzazione" della cartella.