Se per file e cartelle nascoste parli di quelle del sistema, non devi utilizzare nessun tipo di programma per renderle inaccessibili, altrimenti non ti funziona più il windows.
Se vuoi nascondere una cartella e proteggerla con una password puoi usare questo programma
http://www.aiutamici.com/software/view.asp?tipo=home&CodSw=1320oppure questo,
http://www.aiutamici.com/software/view.asp?tipo=home&CodSw=893ma usali solo con le cartelle dati e non di sistema
leggi la descrizione del programma dove spiego come si utilizzano.
Collaboratore Aiutamici