ho detto php ma qualunque linguaggio lato server che tu eventualmente conosca va bene (asp, asp.net, perl)
il "succo" del codice che utilizzerei io sarebbe questo:
tutti i link che vuoi controllare, non linkano direttamente la pagina web, ma una pagina php interna al tuo server. Ogni link passerà alla pagina un ID diverso, a seconda dell ID incrementi di 1 il contatore del link corrispondente e poi ridirigi il browser verso la pagina giusta.
Forse ci sono metodi più efficenti ma non li conosco.
Sono cosi avanti che quando guardo indietro vedo il futuro.