Si deve trovare lo script giusto o modificare quello che hai per far passare immediatamente la pagina in secondo piano, ma qui servirebbe uno pratico di javascript.
Se però vuoi visualizzare i banner senza farli vedere e senza che nessuno se ne accorga, ho un consiglio che forse è anche meglio della finestra popup, quello di utilizzare i FRAME, nella lezione 25 osserva la pagina frame ESEMPIO 4 potresti inserire i banner nel frame superiore e restringere la finestra frame a ZERO altezza cosi che non si vede, anche se non vuoi utilizzare i frame per tutto il sito, puoi usarlo con questo trucco solo per la prima pagina, e ogni volta che torni alla prima pagina con frame, richiamando la pagina del frame aggiornerai anche i banner.
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