Innanzi tutto ti consiglio diinstallare
windows live mail perchè il programma MAIL è una schifezza.
Qualora tu l'avessi già fatto, non capisco cosa vuole dire che gestendo dal server la posta spariscono i messaggi dalla posta in arrivo.
Forse può essere che hai fatto la configurazione della posta automaticamente ed si è impostato in IMAP e cioè la sincronizzazione di tutte le cartelle tra server e pc, questo vuol dire che se cancelli una mail dal server questa si cancella anche dal pc appena fa la sincronizzazione.
E' così come ho scritto?
Alternativa è configurare nuovamente WLM manualmente in POP3 avendo l'accortezza di confiigurare l'account in modo che se cancelli dal pc una mailnon venga cancellata anchedal server.
Fammi sapere se ho capito bene.