Quale è la differenza tra questi due comandi? A me sembrano equivalenti se non simili.

In pratica riguardano entrambi il "boot".

Fixmbr (master BOOT record)
Ripristina il record di avvio principale del disco di avvio. Il comando fixmbr è disponibile solo se si sta utilizzando la console di ripristino

Fixboot (Boot la parola stessa lo dice)
Scrive un nuovo settore di avvio della partizione nella partizione di sistema. Il comando fixboot è disponibile solo se si sta utilizzando la console di ripristino