Se ottieni lo stesso errore con diversi software ,il problema risiede nel formato del video non conforme allo standard.
Prova ad analizzare lo spezzone di video con Gspot
confronta i dati analizzati dei 2 video.
In alternativa posso consigliarti, di usare Avidemux
http://avidemux.softonic.it/Carichi l' Xvid e automaticamente ti aggiorna gli indici e corregge eventuali problemi del video,confermi il salvataggio.
Ricarichi il video e tagli con Avidemux.