Io li ho entrambi (su due differenti Hard Disk) e ti posso dire che le differenze, essenzialmente, sono 3:
1) GimpShop ha un'interfaccia molto simile a quella di Adobe Photoshop (diversa da Gimp_2, quindi);
2) Gimp_Shop è fermo a una versione precedente rispetto a Gimp_2 (insomma, lo Sviluppatore ha preferito tener più aggiornato Gimp_Shop per Macintosh e ha trascurato di aggiornar la versione per Windows);
3) Gimp_Shop è in lingua inglese (niente traduzione italiana);
Sappi, comunque, che esiste anche Gimp_Portable (aggiornatissimo e con la lingua italiana, da installare su Pen-drive), il quale dispone di due particolari add-ons (anch'essi scaricabili gratuitamente) uno dei quali è fatto proprio per trasformare l'interfaccia di Gimp_Portable in un'interfaccia molto simile a quella di Photoshop...
L'add-on in questione si chiama
Gimp Portable Photoshop Layout e lo si può scaricare dalla pagina Web cui ti conduce il sottostante link (dalla stessa pagina è possibile scaricare pure l'Help al programma, se la cosa t'interessa):
http://portableapps.com/apps/graphics_pictures/gimp_portable