Non è un problema di facile soluzione.

In altri posti consigliano vari metodi che funzionano per un po', poi però si ripresenta l'inghippo.

Come prima cosa, ricordo che tempo fa questo problema era il sintomo di una infezione virale, quindi come prima cosa fai una scansione approfondita con un AV aggiornato, poi segui le indicazioni di questa pagina per eliminare eventuali altri ospiti indesiderati
Se viene trovato ed eliminato qualcosa, usa normalmente il PC per qualche tempo per vedere se il problema delle cartelle si ripresenta.

Altrimenti si passa alla fase due, reset delle impostazioni tramite registro di sistema.

Questo metodo funziona da Vista in poi, cancella alcune chiavi ed imposta il numero massimo di personalizzazioni a 20mila, rispetto alle poche centinaia di default, però OCCHIO, mettere mano al registro è semplice ma se si sbaglia qualcosa potrebbe non riavviarsi più il PC, non mi assumo responsabilità al riguardo, fatti prima per sicurezza una copia del disco per evitare guai.

Segui le indicazioni di questa pagina, in particolare e per semplificare il tutto, scarica il file nella sezione METHOD TWO\OPTION ONE premendo l'apposito pulsante download, poi doppio click sul reg scaricato. Segui la discussione del link, ci sono varie decine di pagine da leggere, ma spero\credo che col file reg scaricato dovresti resettare e risolvere.