Si ho eseguito le indicazioni di quel link ma non mi ha risolto.
Allora ho fatto una scansione con Hijack in effetti ho notato che ci sono alcune voci service.exe e toolbar riferiti a Skype.
Solo che prima di intervenire vorrei un parere.

Logfile of Trend Micro HijackThis v2.0.4
Scan saved at 5:54:14 PM, on 9/16/2013
Platform: Windows XP SP3 (WinNT 5.01.2600)
MSIE: Internet Explorer v8.00 (8.00.6001.18702)
Boot mode: Normal

Running processes:
C:\WINDOWS\System32\smss.exe
C:\WINDOWS\system32\winlogon.exe
C:\WINDOWS\system32\services.exe
C:\WINDOWS\system32\lsass.exe
C:\WINDOWS\system32\svchost.exe
C:\WINDOWS\System32\svchost.exe
C:\WINDOWS\system32\spoolsv.exe
C:\Program Files\Creative\Shared Files\CTAudSvc.exe
C:\WINDOWS\Explorer.EXE
C:\WINDOWS\system32\taskswitch.exe
C:\WINDOWS\system32\CTHELPER.EXE
C:\Program Files\PC Tools Firewall Plus\FirewallGUI.exe
C:\Program Files\Common Files\Java\Java Update\jusched.exe
C:\WINDOWS\system32\ctfmon.exe
C:\Program Files\DAEMON Tools Lite\daemon.exe
C:\Program Files\Java\jre7\bin\jqs.exe
C:\Program Files\PC Tools Firewall Plus\FWService.exe
C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\Skype\Toolbars\Skype C2C Service\c2c_service.exe
C:\WINDOWS\system32\wscntfy.exe
C:\Program Files\Skype\Phone\Skype.exe
C:\Program Files\Google\Chrome\Application\chrome.exe
C:\Program Files\Google\Chrome\Application\chrome.exe
C:\Program Files\Google\Chrome\Application\chrome.exe
C:\Program Files\Google\Chrome\Application\chrome.exe
C:\Program Files\Trend Micro\HiJackThis\HiJackThis.exe

R1 - HKLM\Software\Microsoft\Internet Explorer\Main,Default_Page_URL = http://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=69157
R1 - HKLM\Software\Microsoft\Internet Explorer\Main,Default_Search_URL = http://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=54896
R1 - HKLM\Software\Microsoft\Internet Explorer\Main,Search Page = http://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=54896
R0 - HKLM\Software\Microsoft\Internet Explorer\Main,Start Page = http://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=69157
O2 - BHO: Java(tm) Plug-In SSV Helper - {761497BB-D6F0-462C-B6EB-D4DAF1D92D43} - C:\Program Files\Java\jre7\bin\ssv.dll
O2 - BHO: Java(tm) Plug-In 2 SSV Helper - {DBC80044-A445-435b-BC74-9C25C1C588A9} - C:\Program Files\Java\jre7\bin\jp2ssv.dll
O4 - HKLM\..\Run: [IMJPMIG8.1] "C:\WINDOWS\IME\imjp8_1\IMJPMIG.EXE" /Spoil /RemAdvDef /Migration32
O4 - HKLM\..\Run: [PHIME2002ASync] C:\WINDOWS\system32\IME\TINTLGNT\TINTSETP.EXE /SYNC
O4 - HKLM\..\Run: [PHIME2002A] C:\WINDOWS\system32\IME\TINTLGNT\TINTSETP.EXE /IMEName
O4 - HKLM\..\Run: [CoolSwitch] C:\WINDOWS\system32\taskswitch.exe
O4 - HKLM\..\Run: [CTHelper] CTHELPER.EXE
O4 - HKLM\..\Run: [00PCTFW] "C:\Program Files\PC Tools Firewall Plus\FirewallGUI.exe" -s
O4 - HKLM\..\Run: [SunJavaUpdateSched] "C:\Program Files\Common Files\Java\Java Update\jusched.exe"
O4 - HKCU\..\Run: [CTFMON.EXE] C:\WINDOWS\system32\ctfmon.exe
O4 - HKCU\..\Run: [DAEMON Tools Lite] "C:\Program Files\DAEMON Tools Lite\daemon.exe" -autorun
O4 - HKUS\S-1-5-19\..\Run: [CTFMON.EXE] C:\WINDOWS\system32\CTFMON.EXE (User 'LOCAL SERVICE')
O4 - HKUS\S-1-5-20\..\Run: [CTFMON.EXE] C:\WINDOWS\system32\CTFMON.EXE (User 'NETWORK SERVICE')
O4 - HKUS\S-1-5-18\..\Run: [CTFMON.EXE] C:\WINDOWS\system32\CTFMON.EXE (User 'SYSTEM')
O4 - HKUS\.DEFAULT\..\Run: [CTFMON.EXE] C:\WINDOWS\system32\CTFMON.EXE (User 'Default user')
O8 - Extra context menu item: E&xport to Microsoft Excel - res://C:\PROGRA~1\MICROS~2\Office10\EXCEL.EXE/3000
O9 - Extra button: (no name) - {e2e2dd38-d088-4134-82b7-f2ba38496583} - C:\WINDOWS\Network Diagnostic\xpnetdiag.exe
O9 - Extra 'Tools' menuitem: @xpsp3res.dll,-20001 - {e2e2dd38-d088-4134-82b7-f2ba38496583} - C:\WINDOWS\Network Diagnostic\xpnetdiag.exe
O9 - Extra button: Messenger - {FB5F1910-F110-11d2-BB9E-00C04F795683} - C:\Program Files\Messenger\msmsgs.exe
O9 - Extra 'Tools' menuitem: Windows Messenger - {FB5F1910-F110-11d2-BB9E-00C04F795683} - C:\Program Files\Messenger\msmsgs.exe
O18 - Protocol: skype-ie-addon-data - {91774881-D725-4E58-B298-07617B9B86A8} - C:\Program Files\Skype\Toolbars\Internet Explorer\skypeieplugin.dll
O18 - Protocol: skype4com - {FFC8B962-9B40-4DFF-9458-1830C7DD7F5D} - C:\PROGRA~1\COMMON~1\Skype\SKYPE4~1.DLL
O20 - AppInit_DLLs: C:\PROGRA~1\SearchProtect\SearchProtect\bin\SPVC32Loader.dll
O22 - SharedTaskScheduler: Browseui preloader - {438755C2-A8BA-11D1-B96B-00A0C90312E1} - C:\WINDOWS\system32\browseui.dll
O22 - SharedTaskScheduler: Component Categories cache daemon - {8C7461EF-2B13-11d2-BE35-3078302C2030} - C:\WINDOWS\system32\browseui.dll
O23 - Service: Adobe Flash Player Update Service (AdobeFlashPlayerUpdateSvc) - Adobe Systems Incorporated - C:\WINDOWS\system32\Macromed\Flash\FlashPlayerUpdateService.exe
O23 - Service: Creative Audio Engine Licensing Service - Creative Labs - C:\Program Files\Common Files\Creative Labs Shared\Service\CTAELicensing.exe
O23 - Service: Creative Audio Service (CTAudSvcService) - Creative Technology Ltd - C:\Program Files\Creative\Shared Files\CTAudSvc.exe
O23 - Service: FLEXnet Licensing Service - Acresso Software Inc. - C:\Program Files\Common Files\Macrovision Shared\FLEXnet Publisher\FNPLicensingService.exe
O23 - Service: Google Update Service (gupdate) (gupdate) - Google Inc. - C:\Program Files\Google\Update\GoogleUpdate.exe
O23 - Service: Google Update Service (gupdatem) (gupdatem) - Google Inc. - C:\Program Files\Google\Update\GoogleUpdate.exe
O23 - Service: Java Quick Starter (JavaQuickStarterService) - Oracle Corporation - C:\Program Files\Java\jre7\bin\jqs.exe
O23 - Service: Mozilla Maintenance Service (MozillaMaintenance) - Mozilla Foundation - C:\Program Files\Mozilla Maintenance Service\maintenanceservice.exe
O23 - Service: PC Tools Firewall Plus (PCToolsFirewallPlus) - Unknown owner - C:\Program Files\PC Tools Firewall Plus\FWService.exe
O23 - Service: Skype C2C Service - Skype Technologies S.A. - C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\Skype\Toolbars\Skype C2C Service\c2c_service.exe
O23 - Service: Skype Updater (SkypeUpdate) - Skype Technologies - C:\Program Files\Skype\Updater\Updater.exe

--
End of file - 5942 bytes

Prova a fare queste pulizie.

Fai questa scansione,
Scarica Adwcleaner sul desktop:
http://general-changelog-team.fr/en/downloads/finish/20-outils-de-xplode/2-adwcleaner
Avvialo e clicca sul pulsante "Scan” finita la scansione clicca su Clean , conferma con OK le varie finestre che ti compariranno.
Il pc si riavvierà, e uscirà il log col Blocco Note.
Copialo e postalo qui.

Poi fai una pulizia con Ccleaner compreso il Registro, per il Registro spunta tutte le voci acconsenti al backup quando richiesto, sempre in Ccleaner vai in Strumenti Ripristino Sistema seleziona tutte le voci tranne l'ultima che non è selezionabile e rimane per sicurezza, poi clic su Rimuovi.

Dal log di HJT non vedo problemi.

Potresti anche rimuovere completamente Skype, poi fai le pulizie che ho indicato sopra e poi scarichi e reinstalli l'ultima vs di Skype, vediamo se risolvi. Ciao

Niente da fare ancora non sono riuscito a risolvere. Skype di mette almeno 3/4 volte piu del tempo normale a caricarsi completamente.

Ho provato con il firewall disattivato ma non e' cambiato niente. Del resto quel firewall lo uso da una vita e non mi ha mai creato problemi.

Il sw potrebbe avere qualche file corrotto, prova a rimuovere completamente Skype poi scarichi l'ultima versione da aiutamici QUI e lo reinstalli, vedi se migliora.

Si la rimozione l'ho gia' tentata ho istallato la versione consigliata da aiutamici ma nulla.
Se il file corrotto e' un file di sistema si puo' provare con clean and repair o al limite con sfc /scannow Il disco di Win c'e' l'ho quindi non e' un problema

@cbbusto
Questa puzza.

Io lo "fixerei" con HJT.....
Di sicuro non è un file di sistema.
E male che vada lo puoi ripristinare. (sempre con HJT)

Ho eseguito anche queste ultime indicazioni ma non e' cambiato niente. La scansione con Malwarebytes l'avevo gia' fatta cosi come quella con adwcleaner ma non ha risolto nulla.
Skype continua ad essere lentissimo a caricarsi. Se provo ad intervenire cliccandoci sopra la finestra si blocca (not responding) per cui devo aspettare. Stavolta l'ho cronometrato e ci ha messo quasi 6 minuti per darmi l'interfaccia pronta per essere usata. Nel frattempo non posso neppure usare il pc tantomeno navigare. Possibile che abbia bisogno di cosi tante risorse per aprirsi?
A questo punto non so piu che fare. Non mi va di ricorrere al ripristino per i motivi che ho citato prima. Per cui o si trova una soluzione altrimenti dovro' rassegnarmi a tenerlo cosi