Se ho capito bene, alcune versioni di MSN per Windows funzionano tramite WINE, un programma di virtualizzazione che simula l'ambiente Windows e consente di far girare alcuni programmi per Windows.
Io ho provato a far girare alcune cosine con WINE installato in Ubuntu, ma non sono rimasta molto soddisfatta.
Per approfondire WINE leggi questa documentazione: http://wiki.ubuntu-it.org/Virtualizzazione/Wine


Premetto che non ho mai usato MSN e neppure aMSN, ma sempre se ho capito bene: aMSN funziona esattamente come MSN, devi semplicemente loggarti con il tuo account MSN e vedrai direttamente i tuoi contatti che avevi su MSN, cambiano solo l'interfaccia e la grafica.