Ciao,
Avevo un problema analogo al tuo, con la versione LTS precedente a questa ovvero su Hardy Heron 8.04. Invece con Lucid non ho questo problema. Faccio presente che a me la cosa avveniva con le applicazioni di OpenOffice tipo Writer ecc.
Mi spariva il bordo della finestra o diventava violetto e poi se mettevo il cursore del mouse sul bordo stesso ogni tanto "tremolava" : avevo installato esattamente quello che ho ora, ovvero oltre al predefinito Metacity, il compiz-config-settings-manager e la fusion-icon .
Purtroppo all'epoca avevo provato un pò di tutto, ma niente da fare.....!
Se hai installato anche tu i pacchetti che ti ho indicato con la fusion-icon puoi facilmente cliccare con il dx su di essa (dopo averla avviata) e scegliere Reload window manager per appunto ricaricare il gestore delle finestre.
In alternativa da shell puoi dare:
Commenta:sudo killall gnome-panel
Emerald non mi piace affatto e l'ho provato, ma abbandonato presto.
Spero di esserti stato utile, almeno un pò.
Ciao