Mi sfugge, onestamente, la motivazione che ti spinge a porre i Programmi installati in una Partizione differente da quella contenente il Sistema Operativo.
Presumo che tu ritenga (a torto) di potere -nel caso- formattare la Partizione col Sistema Operativo e poi reinstallarlo (il Sistema Operativo), ritrovandoti, così, di colpo,"come per incanto", tutti i programmi installati già debitamente configurati e personalizzati... Beh, mi duole deluderti, ma NON
è così.
I programmi installatoi, per poter funzionare, necessitano di quel che hanno scrityo nel Registro di Sistema (che è necessariamente parte del Sistema Operativo e che sta -dunque- nella Partizione che contiene il Sistema Operativo). Sicché, quando formatterai e poi reinstallerai il Sistema Operativo ex-novo, nessuno dei programmi posizionati sulla Partizione D riuscirà più a funzionare (perché il nuovo Registro di sistema NON è uguale identico a quello vecchio). Risultato? Ti ticcherà nuovamente reinstallare i vari programmi a uno a uno (a partir dall'installer) e poi personalizzarteli spendendo il giusto tempo, parecchio sudore e un bel mucchio di fatica...
Insomma: a meno che tu non stia parlando di "programmi standalone" o di "programma da pen-drive" (detti anche "programmi USB"), i quali NON richiedon mai nessuna installazione, la miglio cosa che tu possa fare -a parer mio- è installare tutti i Programmi nella stessa Partizione (la Partizione C) che contiene anche il Sistema Operativo. Personalmente (si evitano le complicazioni derivanti da un Registro di Sistema che ne uscirebbe, altrimenti, ulteriormente appesantito), consiglierei di lasciar pure i Documenti nella lor "sede naturale" (C:/Documents and Settings).
La Partizione D (quella "di riserva") dovrebbe contener una immagine-di-backup (fatta con Acronis TrueImage o qualche programmuzzo consimile), più tutti gli installer dei vari Programmi ai quali tieni (inclusi quelli di eventuali drivers e aggiornamenti), tutti sempre in bell'ordine, più il backup di tutti i Dati che non vorresti mai perdere.
In quanto al pagefile, il creare una Partizione apposita, in Windows, mi pare non-giustificato (a meno che tu non faccia del tuo file di paging un uso per davvero "massacrante"), giacché la sola cosa che in tale maniera s'ottiene è di poter più celermente "defreammentare" il file di paging in caso di malaugurati "splittamenti"... Il che non è minimamente detto che compensi (e, a parer mio, non lo compensa) il fatto che la Partizione di Sistema non dispone più di un proprio - suo "interno"- file di paging. Si tratta di una soluzione ideale per Linux (che NON usa Librerie Dinamiche né files eseguibili [tipici unicamente di Windows]), ma questo è anche perché la cosiddetta "Partizione di SWAP" di Linux è -scendendo nel dettaglio- solo apparentemente uguale al "pagefile" tipico di Windows.