Non riesco più ad accedere al msconfig perchè quando lo chiamo da start/esegui, appare un attimo e poi scompare.

Msconfig non dovrebbe mai essere aperto a meno di casi particolari e solo da persone esperte o dietro un consiglio di questi.

Probabilmente hai spuntato qualche voce che non dovevi rendendo cosi instabile il sistema, se noti altre disfunzioni ti consiglio di reinstallare il windows.