ho letto da piu' parti che e' consigliato disattivare il ripristino di configurazione prima di fare la scansione dell'antivirus in modo tale che il programma vada a controllare ed eliminare eventuali virus esistenti nella cartella del restore, ma e' vero questa cosa?

No, non è vera... se messa nei termini in cui l'hai messa tu.

Bisogna disabilitare il Ripristino configurazione di Sistema per POI andare in Modalità Provvisoria (e per far questo, bisogna riavviare il computer... col che si svuota la cartella System Restore automaticamente) e fare lì la scansione. Terminata la scansione, si torna in Modalità Normale e si può riattivare il Ripristino configurazione di sistema, creandosi -poi- un primo "punto di ripristino" cui poter ritornare in caso di bisogno. Tutto qui.