non credo che i problemi di accesso dipendano dal fatto che hai spostato le cartelle. E' più probabile magari che sia legato al fatto di aver estratto la chiavetta senza eseguire la rimozione sicura.
Comunque se non hai dati che possono andare persi, una formattazione la puoi pure fare.
Sono cosi avanti che quando guardo indietro vedo il futuro.