Dopo msconfig dovrebbe chiederti di selezionare l'avvio selettivo, se selezioni la casella per non chiedere più nulla non dovresti più vedere la finestra di richiesta.
onestamente non capisco che finestra ti appare, puoi inserire un'immagine?
i riavvii sono solo richieste o effettivamente continua ad avviarsi?
Per rimettere tutto al posto comunque é suficente
<img src="http://img402.imageshack.us/img402/3042/immagineil7.jpg" border=0>mettere la spunta sulla casella avvio normale e ricaricherà tutto, eventualmente togli i programmi in avvio automatico uno alla volta, per vedere quale ti crea problemi, forse hai eliminato un servizio essenziale.
Facci sapere
Ciao