avendo provato l'antivirus nod32 no notato che durante la scansione si notano dei messaggi di errore di apertura dei file.
Tutto ciò è normale?

Se non si tratta di una gran quantità di files, sì (specie se stai scansionando in Modalità Normale). I files cui non si riesce ad accedere son quelli utilizzati in quel momento dal Sistema Operativo.