Forse l'argomento è un po' datato ma il problema mi si è posto solo adesso aggiornando un pc di un amico.
Pensavo che formattando il disco rigido si potesse installare w98 semplicemente come si installa w98 da zero, col suo bel dischetto d'installazione e il cd-rom.
Ho formattato il disco rigido, e su di esso veniva segnalato solo il file command.com.
Facendo partire il pc con il floppy e il cd di w98, questo mi riconosceva il cd drive ma da DOS non trovava l'unità corrispondente al cd. Tentava anzi di avviare ancora win95 e diceva che il tentativo di avviare il cd-rom era fallito (o una cosa simile).
Poi mi è venuta la folle idea di eliminare il file command: riavviando la macchina prima di tentare di avviare w95 scriveva una frase tipo SDRAM SUPPOSED CASE'2' LATENCY e poi mi appariva solo la lettera c seguita da > e mi chiedeva di inserire il nome dell'interprete comandi; a quel punto però non potevo più fare niente perchè qualunque cosa scrivessi mi ripeteva la stessa richiesta.
Forse l'esposizione del mio problema è un po' caotica.
C'è qualcuno che può aiutarmi?
Grazie, comunque.

Andiamo per ordine, perché c'è qualcosa che non capisco.
Se hai formattato il disco C, questo dovrebbe essere vuoto. Come mai ci trovavi command.com?
Anche io sono passato dal 95 al 98. Ho formattato C da DOS, poi ho riavviato il PC dal floppy d'installazione del win98. Questo floppy deve contenere il driver DOS del lettore del CD. Normalmente il Floppy d'installazione contiene un po' di driver per lettori di CD, a cui si fa riferimento in Config.sys nella sezione [CD].
Forse nel tuo caso non riconosce il lettore di CD.
Io proverei a riformattare C ed a riprovare da capo. Questo prima di mettere mano al floppy ed al config.sys.
Ciao

Se dopo aver formattato trovi tutta quella roba sul disco, difficilmente hai formattato.
Procurati un dischetto di avvio e fai il format dal dischetto.
Ma prima fai un bel FDISK
Auguri