Penso che questo possa fare al caso tuo (cripta i files, non le cartelle intere), dato che è stato ideato apposta per stare in Pen-drive. Dovrai lasciare il tuo indirizzo email (ti invieranno, sporadicamente, comunicazioni riguardo ad eventuali aggiornamenti e miglioramenti), ma il programma è gratuito. Attenta a NON scordar mai la password, sennò perdi i files.
http://www.usbvault.com/