Qual'è formato è migliore? Perchè?
Grazie!!

Dipende, innanzitutto, dalle dimensioni della Partizione che vuoi formattare. Nel senso, che per far funzionare al meglio le cose in NTFS è necessario che la Partizione sia grande almeno 40 Gb. Questo non vale, ovviamente, per la FAT32 (anche con soli 5 o 6 Gb, la FAT32 non dovrebbe dare il beneché minimo problema).
Dunque, puoi scegliere solamente se la tua Partizione raggiunge (o supera) i 40 Gb (sennò, la scelta è presto fatta: FAT32 e tutti a casa!).
Per rispondere, poi, alla tua domanda: è meglio la NTFS... se devi farci "girare" un Sistema Operativo creato <i>apposta</i> per questo file system (com'è, ad esempio, esattamente il caso di Windows XP [sia Home che Professional]). NTFS consente di poter proteggere i dati (FAT32, invece, non l consente), è più spedito e stabile (FAT32 è più rigido, più "fragile") ed è -ovviamente- più moderno (NTFS è il tipo di file system più recente fra quelli adottati da Windows). Inoltre, FAT32 ha le sue proprie limitazioni: per dirne una, non puoi avere files di dimensioni superiori a 4 Gb (se superi questa misura, il tuo file viene "splittato" automaticamente in due o più parti, cosa che -ovviamente- con NTFS non avviene). Per dirne un'altra, esistono dei software che <i>NON si installano nemmeno</i> (neanche se ti prostri e li supplichi in arabo) se non su NTFS (questo, ad esempio, è capitato proprio a me: la mia stampante HP LaserJet 3700 -una stampante professionale- non vuol proprio saperne di installarsi se sul computer è presente, come file system, la FAT32!). Infine, la NTFS riduce di parecchio i tempi di certe procedure (i tempi di deframmentazione, solo per dirne una, si riducono -rispetto alla FAT32- in modo molto rilevante).

L'NTFS è il file system "nativo" di Windows XP, quello sopra il quale XP "gira" al suo meglio (con la FAT32, XP è come "ingessato").