Premesso che l'operazione difficilmente è perfetta, ci sono due maniere per "scontornare" delle figure. Quale maniera scegliere dipende un po' dai vari casi, fai delle prove.
La prima si basa sulle selezioni: con un qualsiasi programma di grafica (p.es. GIMP che è pure gratuito) puoi selezionare delle aree basandoti sul colore, sulla contiguità (bacchetta magica), oppure usando una traccia a mano libera o delle aree quadrate o circolari. Addizionando le selezioni (solitamente tenendo premuto il tasto shift o ctrl) e lavorando di zoom puoi ottenere dei buoni risultati.
La seconda si basa sui tracciati, spesso realizzati con le curve di bezier.
In questo campo freehand (mi secca dirlo perchè è a pagamento) ma è assolutamente il migliore.
Che fa un po' la stessa cosa, un po' meno buono, ma gratuito c'è Inkscape (cerca su google). Comunque ogni programma di grafica, GIMP compreso, prevedono anche la selezione di tracciati.
Sono cosi avanti che quando guardo indietro vedo il futuro.