Probabilmente hai molti servizi in background che necessitano di essere caricati.
controlla anche in avvio automatico di non avere applicazioni o servizi strani.
Inoltre se per caso hai una connessione permanente ad internet potrebbe essere l'antivirus che si aggiorna (oppure se è un antivirus un po' tonto ci prova senza successo<img src=icon_smile.gif border=0 align=middle>)
Nella fase "lenta" apri il task manager e vedi se c'è qualche applicazione che consuma CPU o memoria in maniera anormale.
Sono cosi avanti che quando guardo indietro vedo il futuro.