oltre alla funzione "trova" di word, non mi viene in mente niente, anche perchè come potrebbe un programma sapere quali sono tra le inevitabili ripetizioni "normali" di un documento, quelle che invece tu vuoi eliminare?
Personalmente non trovo una buona idea quella di conglobare molti documenti in uno solo, sia per ragioni di dimensioni del file (= lentezza), sia per comodità di archiviazione.
Quando si ha a che fare con grandi quantità di documenti, vi sono soluzioni molto più performanti (database, classificazione su foglio excel, hyperlinks, ecc.)
Sono cosi avanti che quando guardo indietro vedo il futuro.