Puoi usare Stacer che trovi su tutti i repository, però considera che linux generalmente non intasa l'HD di spazzatura come windows.
Probabilmente hai proprio troppi dati (programmi, fotografie, video, giochi, ecc.).
Cancella o disinstalla cio che non ti serve più e fai un backup di ciò a cui non devi accedere troppo spesso...
Sono cosi avanti che quando guardo indietro vedo il futuro.