Ciao Blackmamba.
Uso T.C. da Win 98SE e non mi ha dato mai problemi di questo genere... tranne quando ero io, per distrazione,
a combinare qualche caxxata.
Secondo me il problema può dipendere da due cose:
1) Se lo avete installato da poco probabilmente l'installazione è venuta male, o il file scaricato era già danneggiato.
2) Avete commesso qualche errore, magari anzichè premere F5 ovvero Copia, avete premuto F6 ovvero Sposta,
(ma anche cancella) e vi siete giocati anche dei file di sistema o comunque importanti.
Se non è la 2 non vi resta che disinstallare e reinstallare Total Commander.
Saluti a te e a tutti
.