Come dice il titolo faccio una domanda:
Se utilizzassi la copia del sistema operativo che si trova nella partizione separata perchè magari si è corrotta quella in uso, una volta caricata come nuovo S.O. nella partizione nascosta non resta niente?
Grazie

Nella partizione nascosta è situato lo stato del computer com'era quando è uscito di fabbrica e comprende il sistema e i driver che servono per farlo funzionare perciò non è salutare toccare questa partizione che serve appunto a ristabilire il computer in caso di gravi malfunzionamenti,ed essa non viene cancellata a meno che non sia te a farlo.
Usando la partizione per ristabilire il funzionamento del pc si perdono sia i dati che i programmi installati per cui se hai intenzione di usarla salva i dati che ti interessano.
Se hai un pc in "ordine" ti conviene fare un'immagine del sistema con un programma come Macrium Reflect o Todo Backup,in questo modo im caso di malfunzionamento non solo reinstalli il sistema operativo ma anche programmi,dati e aggiornamenti che avevi al momento della creazione dell'immagine.

Come ti ho detto la partizione nascosta la si elimina solo volutamente e la puoi usare tutte le volte che ti servirà.
Se il tuo computer non ha problemi e malware l'immagine di sistema è la miglior soluzione.
Leggiti bene le guide dei due programmi che ti ho indicato fatte da Alfonso.