Perchè ti si è attivato compiz, che ha questi effetti strani per le finestre.
Non puoi disattivare compiz, perchè serve agli screenlets, ma puoi ovviare alle finestre tremolanti andando in Sistema > Preferenze > Aspetto.
Nel tab "Effetti Visivi" metti su "normali".
Se anche così non funziona devi installare da synaptic "compiz config setting manager" e aprirlo andando in Sistema > Preferenze > Gestore configurazione CompizConfig.
Togli la spunta a "Finestre tremolanti"
By Granuz88