Per quello non c'è problema. L'importante è che non si tenti di usare entrambe le versioni contemporaneamente, per il resto non c'è problema: la versione portatile funziona sia da chiavetta che da una qualunque cartella del tuo hard disk (io ad esempio sul mio computer principale uso la raccolta da una cartella del pc, non da chiavetta), e funziona anche se lo stesso programma è installato sul PC (i due programmi, installato e portatile, non vanno in alcun modo in conflitto).
E' quindi molto comodo usare programmi portatili anche per esempio se si vuole fare prove di varie applicazioni. Non dovendoli installare sono più rapidi da mettere e non sporcano il pc, quindi li si può provare e poi eliminare o tenere a seconda dei gusti.

Per ogni chiarimento basta chiedere, non c'è problema..