Si spostano in Quarantena quei files di cui non si è sicuri (ovvero, si sospetta possan essere dei "falsi positivi", sicché si vuol dar loro una "seconda chance") oppure quei files che si sospetta possan essere importanti (dunque, prima di eliminarli, si vuol vedere se siano indispensabili al sistema oppure no).
Una buona misura è, circa una settimana dopo aver messo in Quarantena un file, aprir la Quarantena e farlo scansionare nuovamente. Se il risultato sarà negativo (insomma, il file NON verrà considerati più "maligno"), significa che si trattava di un "falso positivo" e si potrà reintegrare il file (liberandolo). Se il risultato, invece, è positivo (il file vien rilevato sempre come maligno), allora è assai probabile che il virus ci sia per davvero e sarà il caso di eliminar completamente quel file (purché non si sia rilevato che l'averlo messo in Quarantena ha creato gravi problemi al Sistema Operativo, ovviamente!)...

Sì, i files in Quarantena è cole se fossero stato "eliminati" (nel senso che non posson fare danni e che -se erano importanti per il buon funzionamento del Sistema- si verificheran dei malfunzionamenti anche evidenti).
Penso che la medesima cosa valga anche per i files che finiscon "nel Cestino".